Verbreitung: In Bayern in Gegenden mit Gewässern und Unterschlupfmöglichkeiten verbreitet, mit Lücken in der Sommerverbreitung v.a. südlich der Donau und in Nordwestbayern.
Lebensraumansprüche: Überwiegend eine Waldfledermaus, die strukturreiche Landschaften mit Gewässern und viel Wald bewohnt. Bevorzugte Quartiere von Wochenstuben- und Männchenkolonien befinden sich in Spechthöhlen (v.a. Buntspecht) von Laubbäumen, die relativ gewässernah liegen. In Bayern auch viele Nachweise in Nistkästen. Die Art zeigt ein ausgeprägtes Quartierwechselverhalten mit Durchmischung der Teilkolonien und Nutzung zahlreicher Quartiere durch eine Kolonie. Ihr Jagdgebiet erreicht die Art über „Flugstraßen“ entlang linearer Vegetationsleitlinien wie z.B. Baumreihen oder Waldränder. Hauptjagdgebiete sind stehende Gewässer und ruhige Abschnitte von Fließgewässern, an denen die Fledermäuse in schnellem, wendigem Flug dicht über der Wasseroberfläche Insekten an oder auf der Wasseroberfläche ergreifen (v.a. Zuckmücken). Überwinterung zwischen Oktober und Anfang April v.a. an feuchten und relativ warmen Orten wie Kellern, Höhlen und Stollen.
In Kellern im Buchenwald oberhalb des Naturschutzgebietes Buchleite überwintern regelmäßig Wasserfledermäuse.
Gefährdung: Nach starken Rückgängen in den 1950er und 60er Jahren ist der Bestand wieder auf ein stabiles, hohes Niveau angestiegen. Die Art ist in Bayern nicht gefährdet. Eine mögliche Gefährdungsursache ist Störung im Winterquartier.
