Verbreitung: In Bayern sind die klimabegünstigten Landschaften Unter- und Mittelfrankens flächendeckend besiedelt, im südlichen bis südöstlichen Bayern sowie in den höheren Lagen der Mittelgebirge und Alpen dünnen die Vorkommen zunehmend aus.
Lebensraumansprüche: Brut in offenen und halboffenen Landschaften mit Büschen, Hecken, Feldgehölzen, Waldrändern und größeren kurzrasigen, vegetationsarmen Flächen, bevorzugt in trockener und sonniger Lage. Nistplätze vor allem in extensiv genutzten Trockenrasen, Heckenlandschaften mit Weidenutzung, Streuobstwiesen u.a. Wichtige Niststräucher sind Dornbüsche wie Schlehe, Heckenrose, Brombeere oder Weißdorn. Höhere Einzelsträucher werden als Jagdwarten und Wachplätze genutzt. Neben der vorherrschenden Flugjagd bieten vegetationsfreie, kurzrasige und beweidete Flächen Möglichkeiten zur Bodenjagd auf mittelgroße und große Insekten wie Käfer, Heuschrecken sowie Spinnen oder Feldmäuse. Ankunft im Brutgebiet ab Ende April, Brutzeit Mai bis Juli/August, eine Jahresbrut.
Das Naturschutzgebiet Buchleite bietet dem Neuntöter vor allem in den Heckenbereichen mit Dornsträuchern geeignete Brutplätze. Vorteilhaft ist der Insektenreichtum auf den kurzrasigen Magerrasen und in den extensiv bewirtschafteten Obstwiesen.
Gefährdung: In Bayern nicht gefährdet. Einbußen können durch Lebensraumzerstörung in den Brutgebieten erfolgen, wie z.B. Ausräumung der Agrarlandschaft oder Flächenversiegelung, die zu Verlust von Brutplätzen, aber auch zum Rückgang von Nahrungstieren führen können. Gefährdung auf dem Vogelzug und im Winterquartier.